La Ninja 500 SE es una versión especial realizada sobre la base de la Ninja 500 estándar. Cuenta con una decoración especial en verde inspirada en la de las motos de competición de la marca japonesa que realza las modificaciones añadidas esta temporada. Entre estos cambios destaca el nuevo faro delantero, mucho más afilado y en sintonía con el resto de la familia Ninja, y los alerones delanteros. A pesar de esta imagen tan racing, es una moto que castiga poco al piloto gracias a una ergonomía cómoda en donde el manillar elevado y las estriberas adelantadas ayudan a llevar una posición de conducción natural.Otra mejora importante respecto de la básica es la inclusión de una instrumentación con pantalla TFT con la que se consigue una visión más clara y nítida de la información, y de una toma USB-C para la carga de dispositivos móviles. La pantalla permite conectividad para visualizar posteriormente en el smartphone información sobre conducción y atender a las funciones básicas del teléfono.En el apartado mecánico no hay diferencias, por lo que la Ninja 500 SE se beneficia del nuevo motor de 451 cc que maneja unas mejores cifras de potencia y par que el modelo anterior: 51 hp y 43 Nm. Este aumento de cilindrada de la versión 2024 se consigue aumentando la carrera. El embrague antirrebote y asistido es la única ayuda a la conducción, junto al obligado ABS. No aporta control de tracción.Precisamente, en los frenos sí encontramos una diferencia respecto al modelo anterior. Los discos ya no son lobulados aunque se conservan las medidas, es decir, 310 mm delante y 240 mm detrás. La pinza delantera es de tipo axial y dos pistones, mientras que la trasera es de un solo pistón, ambas fabricadas por Nissin. En las suspensiones se aprecia una horquilla convencional y un amortiguador trasero, este último regulable en precarga. Se continúa echando en falta una horquilla invertida aunque los sencillo elementos que ofrece funcionan a la perfección.